毎年５月末に一般社団法人としての定時総会が開催され、2年に一度、前期の活動が総括され、役員改選を行います。

役員

会の運営にあたるのが理事会で、互選により理事長が選出されます。理事長を補佐するため、副理事長を含め常任理事会が構成されています。また、理事会の諮問機関として、評議員会が置かれています。

役員名簿

各部・委員会

各分野の活動を進めるために、理事会のもとに組織・会報・機関誌・研究・出版企画・事業・著作権・国際・情報ネットワーク・財政の各部と「子どもと読書」「子どもと平和」の委員会が置かれています。

部（委）員名簿

支部と地方組織

北海道から沖縄まで、下記の16の支部があります。ほぼ県単位ですが、ブロック単位、県内の一定の地域をエリアとする支部もあります。形態も様々で、それぞれ自主的に活動を行っています。

【支部】

北海道・岩手・山形（山形童話の会）・茨城・宇都宮・群馬・千葉・信州（信州児童文学会）・中部（中部児童文学会）・岡山・広島・徳島・高知・北九州・鹿児島・沖縄
また、これとは別に首都圏に次いで会員の多い関西地区の会員の親睦や講座の開設などのために、関西センターが置かれており、理事会のもとで独自の活動を行っています。